Carlitos a commencé sa carrière professionnelle à Amora au début âgé de 17 ans. Deux ans plus tard, il s'installe à Estoril-Praia, où il a aidé l'équipe à atteindre sa promotion à la ligue portugaise et a retenu l'attention la plus grande équipe du pays en raison de ses fortes compétences: les dribbles et la vitesse. En 2004, Carlitos signé avec les géants SL Benfica après avoir joué le Championnat d'Europe des moins de 21 en Allemagne avec le Portugal. Il a aidé Benfica à conquérir son premier titre de ligue en 11 ans. Néanmoins, il n'a pas été en mesure de présenter les compétences qui fait de lui l'un des principaux acteurs d'Estoril, jouant très peu de matches à la suite. Il a été prêté à Vitória de Setúbal en 2005-2006, est retourné à Benfica, mais a été prêté à nouveau, cette fois vers la suisse avec FC Sion en 2006-2007.
En Juillet 2007, Carlitos a été vendu à FC Bâle, les rivaux de FC Sion, pour un montant de ¤ 1,5 million.
Carlitos a marqué au FC Bâle le 200ème but européen, le 5 Décembre 2007, d'un superbe coup franc contre SK Brann à Saint.
